既に判明している不具合です。使用の際は注意してください。

　txt2exo Ver 0.3.1において、RhythmicaLiyricsのルビを振った文字の直後の文字にタイムタグを挿入しなかった場合、中間点が重なるバグが発生しています。直後の文字が日本語であろうが、記号であろうが発生するようです。

　以下の画像は、そのバグが発生する例です。この画像のように「取」にルビを振り、その直後の「っ」にタイムタグを設定しない状態で出力してしまうと、「取」と「っ」の間の中間点と「っ」と「て」の間の中間点が重なってしまい、「っ」のクリッピングが一瞬で終わってしまうオブジェクトが生成されてしまいます。

　このバージョンでの対策としては、「ルビの直後の文字にもタイムタグを入れる」ことぐらいかと考えられます。特に前述したような例の歌詞ではタイミングが取りづらいため、RhythmicaLiyricsのテキスト編集モードで前後のタイムタグの平均値をとることで、スムーズに歌詞がクリッピングされます。
　最悪、RhythmicaLiyricsで調整するのがめんどくさかった場合、Aviutlの方で中間点を一つ削除することでも容易に対策出来ますが、僅かにタイミングがズレるようです。

　同じくVer 0.3.1において、歌詞のない行に空白を入れてしまうとオブジェクトファイルを出力した際に、ルビだけが一行ズレた状態で出力されてしまうバグが発生しています。恐らく空白の入った行数だけルビがどんどんズレるかと思われます。（但し、厳密な発生条件は確認していません。改行コードによる問題の可能性もありました。）

　RhythmicaLiyricsでは全く気づけないため、Aviutlで出力した際に、最後の方の歌詞にあるルビが正しい位置に振られているかで確認する必要があります。ズレていることが確認された場合は、RhythmicaLiyricsでマウスをポチポチして、カーソルのズレから場所を確認し、テキスト編集モードで空白を削除することで改善されるようです。
　基本的に、ズレる前とズレる後の間にある空行に問題があるため、そこを重点的に探すと良いかと思われます。また、最初から歌詞に空行を入れないで作成することで、このバグは発生しないと思います。