既に判明している不具合です。使用の際は注意してください。

　txt2exo Ver 0.3.1において、RhythmicaLiyricsのルビを振った文字の直後の文字にタイムタグを挿入しなかった場合、中間点が重なるバグが発生しています。直後の文字が日本語であろうが、記号であろうが発生するようです。

　以下の画像は、そのバグが発生する例です。この画像のように「取」にルビを振り、その直後の「っ」にタイムタグを設定しない状態で出力してしまうと、「取」と「っ」の間の中間点と「っ」と「て」の間の中間点が重なってしまい、「っ」のクリッピングが一瞬で終わってしまうオブジェクトが生成されてしまいます。

　このバージョンでの対策としては、「ルビの直後の文字にもタイムタグを入れる」ことぐらいかと考えられます。特に前述したような例の歌詞ではタイミングが取りづらいため、RhythmicaLiyricsのテキスト編集モードで前後のタイムタグの平均値をとることで、スムーズに歌詞がクリッピングされます。
　最悪、RhythmicaLiyricsで調整するのがめんどくさかった場合、Aviutlの方で中間点を一つ削除することでも容易に対策出来ますが、僅かにタイミングがズレるようです。

　同じくVer 0.3.1において、歌詞のない行に空白を入れてしまうとオブジェクトファイルを出力した際に、ルビだけが一行ズレた状態で出力されてしまうバグが発生しています。恐らく空白の入った行数だけルビがどんどんズレるかと思われます。（但し、厳密な発生条件は確認していません。改行コードによる問題の可能性もありました。）

　RhythmicaLiyricsでは全く気づけないため、Aviutlで出力した際に、最後の方の歌詞にあるルビが正しい位置に振られているかで確認する必要があります。ズレていることが確認された場合は、RhythmicaLiyricsでマウスをポチポチして、カーソルのズレから場所を確認し、テキスト編集モードで空白を削除することで改善されるようです。
　基本的に、ズレる前とズレる後の間にある空行に問題があるため、そこを重点的に探すと良いかと思われます（二分探索の要領で）。また、最初から歌詞に空行を入れないで作成することで、このバグは発生しないと思います。

　同じくVer 0.3.1において、一行に一文字のみでルビをつけてしまうと、オブジェクトファイルが作成できない（内部エラー(7)になる）バグが発生しています。なおルビの文字数に関係はないようです。

　一行に一文字のルビを付けることで発生するため、空白を前後のどちらかに入れることで解消されるようです。図の左はバグが発生する状況で、右がその対策になります。図では右側に半角スペースを入れていますが、左側でも解消できます。

　同じくVer 0.3.1において、ルビ付き文字とその一個前のタイムタグの時間が重なった場合、ルビ付き文字のルビが生成されないバグが発生しています。ただし、文字のみが生成されないだけで、タイミング（中間点）はしっかりとオブジェクトに打たれているようです。

　以下の画像は、そのバグの発生例となります（相変わらず適当な例ですがw）。画像上のタイムタグのように、1行目の「あ」の終わりの時間と、2行目の「い」の始まる時間を同タイミングとしてしまうと、画像下の出力結果のようにルビのオブジェクトに文字列が挿入されていないことが分かります（本来ならば「い」が挿入される）。しかしながら、2通常の文字はキチンと出力されている上に、ルビのオブジェクトには正しく中間点のタイミングとパラメータが割り当てられています。

　対策はシンプルに前のタイムタグのタイミングを打ち直すか、テキスト編集モードで前のタイムタグを「-0.1秒」することぐらいかと思われます。しかし、ルビのオブジェクトには中間点が正しく降られているため、ある程度テキストのマークアップタグ（主に座標指定）の方法を知っていれば、Aviutl上で容易に手動で直すことも可能です。
　困難なことに、exoファイルに出力しAviutlに出すまでに気づけることは殆どないため、動画の最終確認でよく目を凝らす必要があります。この状況に陥る場合、恐らく行末のタイムタグや空白用のタイムタグが殆どかと思われます。ですので、作成した段階で、怪しそうな場所に目星を付けておくことぐらいしか対策しようないかと思います。なお、RhythmicaLiyricsでは同タイミングのタイムタグは（色反転などで）判定されないようです。